經濟部108年7月修正公布「工廠管理輔導法」部分條文，並自109年3月施行迄今已逾4年，未登記工廠於施行日起，20年內應完成用地變更及建物合法，因國土計畫法即將正式上路，對於已申請納管或取得特定工廠後，將來進行用地變更作業時，恐因國土計畫法的實施而存有疑慮。地方政府說明，依工廠管理輔導法規定取得特定工廠登記者，於國土計畫法施行前，已完成土地變更編定為特定目的事業用地者，免再依國土計畫法規定申請得逕為合法使用。

為避免業者產生誤解，嘉縣府經濟發展處澄清，內政部於今年4月26日預告之「國土計畫土地使用管制規則（草案）」規定，依工廠管理輔導法規定取得特定工廠登記者，於國土計畫法施行前已完成土地變更編定為特定目的事業用地者，免再依國土計畫法規定申請得逕為合法使用。

而國土計畫法施行後針對尚未完成用地變更編定之未登記工廠或特登工廠，依據管制規則（草案）附表一所列，含括國土保育地區（國1、國2）、農業發展地區（農1到農4）及城鄉發展地區（城2-1、城3）各國土使用分區下均可申請同意作為特定工業設施使用，而非回頭重新辦理工廠納管，原已核定之納管、改善計畫或特定工廠登記仍為有效，並非農地被劃入農業發展地區第1類後，已申請納管或取得特定工廠將面臨拆除或失效。

根據統計，截至目前嘉義縣計有8百多家未登記工廠申請納管及特定工廠登記，其中已取得特定工廠登記為184家，已提送用地變更計畫的13家中，已有2家經核准用地變更為特定目的事業用地，而其中1家更是全國第一家完成建廠並取得合法工廠登記之未登記工廠。